Comunicació entre científics?

•14/04/2009 • Feu un comentari

A principis de carrera i, sobretot, a principis d’aquest any, ens hem adonat de la importància a l’hora de comunicar els resultats obtinguts per un determinat experiment, o d’una determinada hipòtesi. El fet de saber més i més ens permet avançar o adonar-nos d’algun error comès abans de temps, en el pitjor dels casos.

Un dels recursos més habituals a la comunitat científica a l’hora de divulgar els coneixements nous són les revistes científiques. La veritat és que hi ha moltes revistes i de molt importants, com l’American Chemical Society Journal o la Organic Chemistry per posar algun exemple de revistes químiques.

Però el fet és que aquestes revistes no són de domini públic. Calen unes subscripcions prèvies. Al febrer van treure un “borrador del anteproyecto de la Nueva Ley de la Ciencia” on es parla, en un apartat, de les publicacions “Open-Access”. Principalment s’enfoca aquest àmbit en els repositoris digitals on s’hi poden trobar no només els textos dels articles, sinó que permet inserir tota la informació del procés d’investigació com les dades, les simulacions, el software d’aquestes simulacions, models, gràfics,etc. Aquesta nova línia d’informació fa evident que les revistes actuals comencen a quedar obsoletes i que les publicacions Open-access permeten una comunicació molt més complexa i profunda.

A l’apartat del “borrador de la Nova Llei de la Ciència” (per resumir) que fa referència a les publicacions d’accés obert, parla d’un tema curiós: “2. Los investigadores cuya actividad investigadora esté financiada con fondos de los Presupuestos Generales del Estado harán pública una versión digital de la versión final de los contenidos que les hayan sido aceptados para publicación en publicaciones de investigación seriadas o periódicas, tan pronto como resulte posible, pero no más tarde de seis meses después de la fecha oficial de publicación.”

Una traducció seria: la versió final que haurà d’estar disponible en Open Access és la versió final, revisada i acceptada, de l’article que es publicarà a la revista.  Aquest fet  els va molt bé perquè no entra en conflicte amb les Revistes Científiques més importants.

El problema està en: no es possible demanar als investigadors que permetin l’accés obert a les seves publicacions si la única publicació que els valoraran és aquella que publiquin a les revistes reconegudes, i les revistes reconegudes no publicaran cap article que estigui en open access o en un repositori. És més retorçat que l’ADN… no?

Pensament Win32

•26/03/2009 • Feu un comentari

El dia 24 de març va sortir un article de’n Josep Corbella a La Vanguardia on, en resum, es posa de manifest que la societat d’avui dia no és capaç de permetre a les dones integrar-se completament al món científic tant com als homes.

Segons dades estadístiques de la UE, el porcentatge d’homes i dones que comencen carreres de caire científic és molt similar, però a mida que avancen en els estudis, la majoria de dones deixen les seves vocacions per temes familiars; els fills. Això comporta un problema greu ja que per poder fer un bon treball científic, calen científics! Sembla molt evident, però en aquesta societat posem trabes a joves científiques que podrien ajudar -i molt- a fer treballs de qualitat.

El cas es que segons l’article, “la etapa en que se decide la carrera científica, la que requiere una mayor dedicación, es entre 30 y 40 años y suele coincidir con la edad de la maternidad”. D’acord, hi ha qüestions fisiològiques que ens impedeixen exercir de mares-pares en els primers mesos, però això no té perquè afectar en major mesura a la vida de la nostra muller; cal passar d’un pensament del pensament de MS-DOS al Win32 -i ja dic Win 32, per no dir Windows Vista Premium, que és on hauriem d’estar!-.

Actualment, jo he conegut molts pares que han agafat la baixa per paternitat. Tal com es diu en l’article hauríem de ser capaços de comprendre que si la nostra muller té una època d’obligacions laborals, l’hem d’ajudar en la mesura del possible, i no que sempre sigui ella la que sacrifiqui anys de la seva vida pel fill. Jo sóc partidari i practicant d’aquesta visió -ja m’agradaria parlar de fets…- i crec que la gran majoria de les noves generacions ja té un pensament més evolucionat que generacions anteriors.

No entenc com encara hi ha homes JOVES, perquè els grans encara tenen un cert perdó ja que és el que han estat menjant durant tota la vida i amb 80 anys dubto que els facis canviar, tot i que no és impossible, que tinguin uns pensaments prou retrògrads com per no ser capaços ni d’ajudar en les feines de casa. La vida en parella és això, treball familiar cooperatiu! Si un dels dos té feina, l’altre l’ajuda; ocupant-se íntegrament de les feines de casa, del fill, de la compra, dels menjars… Són èpoques. Si els dos tenen feina, es complementen els dos per igual.

Fora de hadicaps laborals, crec que el fet més important són les preocupacions externes el que afecten a l’hora d’involucrar-se en quelcom tan sacrificat i que requereix una atenció del 99,9% com és el treball científic.

No estem parlant de quelcom que no és possible. Estem parlant d’un tema que únicament requereix un canvi de pensament, una evolució en la comprensió del que significa viure en parella, comprensió del significat de família. Calen pensaments nous, pensaments Win32!

Applets Java

•23/03/2009 • Feu un comentari

Tot i que a primer cop d’ull alguns pensin: ja estem parlant de Star Wars… NO! Estem parlant de química! I una química molt interessant: els applets java per crear molècules químiques.

Fins ara existien alguns programes que permetien crear models virtuals de molècules, però eren costosos i de vegades feien falta processadors molt potents per poder reproduir els models un cop fets. Des de fa poc, ha nascut una nova generació de programes que ens permeten fer una molècula del no res amb un click del ratolí; els applets Java. N’hi ha bastants, com per exemple el JChemPaint o el JMol. Són programari lliure i gratuït que ens posa a l’abast de la mà tot un ventall de possibilitats a l’hora de crear molècules. No només podem crear-ne personalment, sinó que com que es poden fer servir on-line (des del web), tenen accés a bases de dades i ens permeten visualitzar molècules complexes sense necessitat de crear-les a mà.

També ens ofereixen altres opcions com crear les nostres pròpies molècules i guardar-les com una imatge, com un SMILES o un InChI.

Probeu-los. Són molt interessants!!!

Parlament 2.0

•23/03/2009 • Feu un comentari

A l’entrada del blog de l’Edunomia que us he enllaçat hi ha un podcast molt interessant i esperançador del President del Parlament de Catalunya, Ernest Benach. Sempre tant encertat aquest home. Des de sempre he pensat que un dels homes que millor em cau i que em fa creure que potser ens fa tirar endavant dins del marc polític és aquest. Disposat a progressar, a canviar de cares al futur –paraules que pel que es veu fan pànic a la majoria de polítics si no hi ha beneficis econòmics immediats pel mig- , en resum: posar-nos al dia.

Ens comenta un progrés que a hores d’ara no és gran cosa, però és equivalent a la famosa frase: “un pequeño paso para el hombre, un gran paso para la humanidad”, en versió catalana. Ens presenta la web del parlament on hi ha zones interactives (zones de queixa, qüestions i debat, entre d’altres) per tal de fer arribar als ciutadans el progrés de la feina que es fa al Parlament. És un intent d’informar a la població, que feia falta -.

Però el més important, crec, no és el que s’ha fet literalment al web, sinó que és la idea, la intenció que s’ha promogut i s’ha dut a terme. Hi ha una certa comprensió des de les cotes “altres”, per anomenar-les d’alguna manera, i es comença a incorporar tota la tecnologia moderna –que ja s’ha introduït des de fa bastant a la nostra societat i en moltíssims àmbits- als òrgans vitals d’un estat.

Espero que sigui el primer pas dels que vindran i que des d’aquest punt es pugui progressar cap a un nou sistema on les relacions poble-polítics siguin més… millor dit, menys complicades.

L’enhorabona!

Codi InChI

•23/03/2009 • Feu un comentari

Entre el 2000 i el 2005 la IUPAC i NIST van crear un codi que permetia descriure textualment l’estructura de les molècules químiques, el qual s’anomena InChI (International Chemical Identifier).

Aquest codi descriu l’estructura de la molècula per capes d’informació: àtoms, enllaços, informació tautomèrica, isotòpica, estereoquímica i informació electrònica. Tot i que no són tan fàcils d’entendre com els SMILES, ens aporten molta més informació i no ens deixen cap dubte sobre la connectivitat d’una determinada molècula.

CH3CH2OH
ETANOL. InChI=1/C2H6O/c1-2-3/h3H,2H2,1H3

El codi conté capes que consten de diferents sub-capes, les quals tenen prefixos per determinar a què estem fent referència:

· Capa principal:

o Fórmula (sense prefix)

o Enllaços entre àtoms (c)

o Àtoms d’hidrogen (h)

· Capa de càrrega:

o Positiva (p)

o Negativa (q)

Tots els programes de formació de molècules fan servir aquest codi, ja que descriu clarament qualsevol relació i en permet extreure’n el 100% de la informació estructural. Malgrat això, el codi és bastant extens i s’ha fet servir un programa que mitjançant algoritmes, ha reduït la informació de tot el codi InChI en 50 caràcters; l’anomenat InChIKey. Tot i que no és intel·ligible pels éssers humans a primer cop d’ull a causa dels algoritmes, normalment es fa servir pel seu reduït tamany.

El gran abast que ha tingut el codi, bé per la gran quantitat d’informació que ens pot oferir en poques línies i sense gaire complicacions, bé perquè és el codi oficial de la IUPAC, bé per d’altres raons que la gent pot tenir – ja subjectives 100% -, ens demostra que no és una idea que ha sortit de cop i volta, sinó que ha calgut un gran treball però que ha donat els seus fruits.

SMILES

•23/03/2009 • Feu un comentari

Creat per Arthur Weininger i David Weininger a finals dels 80, el codi SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry Specification) es fa servir per descriure les estructures de molècules químiques fent servir el codi alfanumèric ASCII, on s’anomenen els àtoms i els enllaços presents. Des de llavors, s’ha anat millorant el codi i es va treure un codi obert anomenat OpenSMILES al 2007.

Es basa en escriure una determinada estructura anomenant els àtoms i els enllaços amb lletres. La característica principal de l’SMILES és que per descriure una molècula no calen complicats llenguatges informàtics, sinó que és una versió molt més ‘humanitzada’. Hi ha diferents codis vàlids per a una mateixa estructura (Etanol, per exemple): C-C-O, [CH3][CH2][OH], etc. Un dels punts forts és que s’ha creat un codi universal anomenat “absolute SMILES” on aquestes variacions igualment vàlides es transcriuen en una concreta. Així, qualsevol que vulgui referir-se a l’etanol sense especificar un codi estàndard concret pot fer servir el codi universal: CCO.

Una segona característica bàsica és que aquest llenguatge ocupa molt menys espai que el d’altres programes. Un SMILES típic ocupa un 50% o un 70% menys d’espai que una taula de connexions equivalent. L’espai d’emmagatzematge per àtom és de tan sols 1.6 bytes i a més a més, a l’hora de comprimir és extremadament efectiu (arribem a 0.46 bytes/àtom).

Hi ha tot un diccionari lingüístic complet a http://tinyurl.com/o4n2y on es descriu com anomenar els diferents àtoms i enllaços formats.

Un codi molt, molt “useful” com dirien els anglesos… se m’acudeixen perspectives de futur des de la visió d’un estudiant que podrien servir a l’hora de fer exàmens… 1.6bytes? Hi cap de sobres en una ‘xuleta’!

Gasos que canvien la veu

•13/03/2009 • Feu un comentari

L’altre dia vaig veure a l’Hormiguero que a la secció on la gent pot anunciar el seu negoci a canvi de passar unes proves, a un home li feien fer de “barrufet” i hi havia un munt de globos. Si agafava un globo que li feia la veu aguda podia anunciar-se, si n’agafava un que li feia la veu greu, li tiraven pintura per sobre. La qüestió és que vaig pensar: d’acord, jo conec l’Heli, sé que et fa la veu aguda… però i l’altre gas?? Quin és el que et fa la veu greu? Em va intrigar molt el tema i he trobat quelcom que ho explica clarament.

Veu aguda

L’Heli és un gas noble, amb número atòmic 2, és inert ja que té ple l’orbital s i per tant és molt estable. La densitat de l’He és 0,1785 Kg/m³, més 6 cops menys dens que l’aire (1,18 Kg/m³). Aprofitant aquest fet, és per això que els globus de les fires floten, ja que s’omplen amb He. Si nosaltres agafem un d’aquests globus i n’aspirem el contingut, al voler parlar – expirar – , les cordes vocals vibraran molt més ràpidament ja que no hi haurà tanta fricció, i el so que produïran serà molt més agut. Quelcom semblant a tocar la guitarra a l’aire o sota l’aigua; les cordes de la guitarra vibraràn molt més lentament sota l’aigua ja que la densitat és 1000 vegades superior (1000 Kg/m³ ≡ 1Kg/L).

Tot i així hi ha un perill: Nosaltres no tenim la necessitat de respirar perquè necessitem oxigen, sinó que sentim la necessitat de respirar quan als nostres pulmons hi ha un excés de CO2 (de passar de l’O2 al CO2) i notem aquelles “punxades” ja que ens estem intoxicant. Si no tinguessim CO2 al nostres pulmons, notaríem que ens maregem (com quan respirem molt rapid) però no notariem que ens afoguem. Per tant, si respiressim molt seguit des d’un tanc d’heli, ens marejaríem una mica.. fins i tot li atribueixen alguens sensacions d’eufòria, però no notariem la sensació de voler respirar i podriem morir d’hipòxia.

Veu greu

El gas que fa que la veu s’agreugi és l’hexafluorur de sofre (SF6). És inodor, incolor, no-tòxic i no-inflamable. Té una constant dielèctrica molt elevada, el que fa que sigui extremadament aïllant, i s’usa en operacions oculars o quan es requereixen atmosferes aïllants (per treballar amb cables d’alta tensió, metal·lúrgia, etc.).  Aquest gas té una densitat de 6,13 g/L, que és 5 cops més que la densitat de l’aire. Al fer-lo passar per les cordes vocals farà que vibrin molt més lentament i per tant, que el so sigui molt més greu.

Veure-ho en viu

Els sonats (perquè estan sonats) de Mythbusters ó com aquí els anomenen: Cazadores de Mitos, ens poden fer una explicació teòrico-pràctica del tema.

També es poden fer altres curiositats… Aquesta m’encanta!